Des anomalies du microbiote (ou dysbiose), avec une sur ou sous-représentation de certains phyla bactériens et une réduction de la diversité bactérienne, ont été mises en évidence dans plusieurs pathologies comme les maladies du foie, le SII et les MICI. La tentation est grande de vouloir corriger la dysbiose au moyen de la transplantation de microbiote fécal (TMF), dont la seule indication validée aujourd’hui reste la colite récidivante à C. Difficile.