Le microbiote intestinal peut être influencé par divers facteurs environnementaux, comme le tabac. Des études ont montré qu’il se modifiait à l’arrêt du tabac. Les firmicutes (dont certaines clostridies) et les actinobactéries (comme les bifidobactéries) augmentent, tandis que les Bacteroidetes et les protéobactéries diminuent. On observe aussi une augmentation de la diversité bactérienne du microbiote.